Als die Arbeitsgemeinschaft der Waldeisenbahn Muskau im Jahr 1990 bei den örtlichen Kommunen vorstellig wurde, ging es um die weitere Verwirklichung des Erhalts der Waldeisenbahn und den Wiederaufbau der Strecke nach Kromlau. Die positive Resonanz auf die Vorhaben setzte neue Ideen und Kräfte frei, und so wollte der inzwischen eingetragene Verein mit ABM-Kräften die Sache beschleunigen. Bald musste man aber einsehen, dass die Organisation und Begleitung einer solchen aufwändigen Maßnahme in ehrenamtlicher Arbeit nicht möglich ist. Hier war es das damalige Landratsamt Weißwasser, das die Trägerschaft für die AB-Maßnahmen übernahm und einen Aufbaustab für das Vorhaben Waldeisenbahn bildete.

Im Februar 1993 wurde eine Gesellschaft zum Betrieb der WEM gegründet, in der neben dem Landkreis, Städten und Gemeinden unter anderem auch der Verein der Waldeisenbahn Muskau Gesellschafter wurden. Aufgabe dieser Betreibergesellschaft ist es, die materiellen Voraussetzungen zu schaffen, wie auch den touristischen Bahnbetrieb selbst zu realisieren. Da die Bahn im öffentlichen Raum verkehrt, unterliegt sie zahlreichen Vorschriften bzw. Gesetzen und unterscheidet sich so nicht wesentlich von den anderen Schmalspurbahnen in Sachsen. Neben den allgemeinen Regeln einer GmbH sind die Vorgaben der zuständigen Berufsgenossenschaft zu realisieren, und die Einhaltung der bahnspezifischen Vorschriften wird von der Landeseisenbahnaufsicht Sachsen überwacht. Der Geschäftsführer ist so auch gleichzeitig Betriebsleiter der WEM.

Neben dem fahrplanmäßigen Personenverkehr von Ostern bis zum ersten Oktoberwochenende bietet die Gesellschaft auch ganzjährig Sonderfahrten an. Diese werden nach den Wünschen der Besteller gestaltet. Auch komplette Tagesprogramme, z.B. mit Bewirtung und Parkführung werden organisiert. Bei Interesse richten sie ihre Anfrage an die Geschäftsstelle.

In den zurückliegenden Jahren gelangen der Gesellschaft zahlreiche wichtige Investitionen zur Sicherung des zukünftigen Betriebes. Wichtigste Maßnahme war dabei zweifellos der Neubau des Betriebsbahnhofes am Standort der ehemaligen Ziegelei in Weißwasser, welches neben einem Fahrzeugdepot und einem Instandhaltungszentrum auch die Sozialräume für die Mitarbeiter sowie die Geschäftsstelle beherbergt. Ermöglicht wurde das Projekt durch eine EU-Förderung aus dem Fond „Interreg III A“ und einer Kofinanzierung des Zweckverbandes Verkehrsverbund Oberlausitz-Niederschlesien sowie Eigenmittel der kommunalen Gesellschafter.