In ihren besten Zeiten verfügte die Muskauer Waldeisenbahn über mehr als 550 Güterwagen. Allen gemein ist deren ebenso simpler wie zweckmäßiger Aufbau mit einer Anpassung an das hauptsächliche Transportgut. Der generelle Grundaufbau besteht aus 2 Drehgestellen auf die ein Rahmen mittels Drehzapfen aufgesteckt ist.
Den Großteil aller Fahrzeuge der WEM stellen die unterschiedlichen offenen Güterwagen dar. Neben einigen Wagen aus dem Anfangsbestand der Waldbahn wurde der größere Teil durch Umbauten und Änderungen von so genannten Brigadewagen der ehemaligen deutschen Heeresfeldbahn in den eigenen Werkstätten hergestellt.

Bauart OOkk; Baujahr 1925-1971; Werkneubau, Um- und Neubau WEM; Länge 6610-7260 mm; Breite 1950 mm; Höhe 1700 mm; Eigengewicht 2,1-2,6 t; Lademasse 4,5 t; genieteter oder geschweißter Stahlrahmen
01-128 Umbau 1959, Museumszug 01-143 Umbau 1963 aus 03-030, Museumszug 01-206 Umbau 1967, Museumszug 01-209 Umbau 1968 aus 03-025, Museumszug 01-211 Umbau 1967 aus 03-036, Museumszug 01-214 Umbau 1968 aus 03-040, Museumszug 01-219 Umbau 1968 aus 03-034 Museumszug 01-220 Umbau 1968 aus 03-037 Museumszug

Bauart OOkk; Baujahr 1950-1966; Umbau und Neubau der WEM; Länge 6860-7260 mm; Breite 1750 mm; Höhe 1570 mm; Eigengewicht 2,1-2,6 t; Lademasse 6,6 t; niedrigere Kästen, verstärkte Rahmen, kräftigere Federn, Kippanschläge am Rahmen und veränderter Verschlussmechanismus im Vergleich zur Reihe 01 A
01-020 Umbau aus 03-... Museumswagen, genieteter Rahmen 01-048 Museumswagen, geschweißter Rahmen 01-053 abgestellt, genieteter Kohlewagen-Rahmen 01-063 Umbau aus 03-... abgestellt, genieteter Rahmen 01-067 Umbau aus 03-... Museumswagen, genieteter Rahmen 01-078 Museumswagen, genieteter Rahmen 01-099 Bj. 1955 als 01 A Museumswagen, genieteter Rahmen 01-103 Bj. 1955 als 01 A Museumswagen, genieteter Rahmen 01-107 Bj. 1955 als 01 A abgestellt, genieteter Rahmen 01-111 Bj. 1955 als 01 A abgestellt, genieteter Rahmen 01-119 1958 Neubau abgestellt, geschweißter Rahmen 01-225 1969 Umbau aus 02-008 abgestellt, geschweißter Rahmen 01-231 1970 Umbau aus 02-020 Museumswagen, geschweißter Rahmen 01-234 1969 Umbau Museumswagen, geschweißter Rahmen
Bauart OOkk; Baujahr ab 1900; Hersteller unbekannt, evtl. WEM; Länge 5810-6585 mm; Breite 1950 mm; Höhe 1630 mm; Eigengewicht 2,1-2,5 t; Lademasse 5 t; Holzlangträger mit Altbauunterwagen
02-022 Museumszug
Bauart OO; Baujahr 1916-1919; verschiedene Hersteller siehe Liste; Länge 7060 mm;Breite 1945 mm; Höhe 1355 mm; Eigengewicht 2,16-2,6 t; Lademasse 5 t; abnehmbare Rungen, Stirn- und Seitenwände
03-003 Busch 1918, Museumszug 03-017 O&K 1918, auch als Personenwagen einsetzbar 03-019 O&K 1918, auch als Personenwagen einsetzbar 03-024 Weimar 1919, auch als Personenwagen einsetzbar 03-035 Busch 1918, auch als Personenwagen einsetzbar 03-041 J.P.Goossens 1918, Museumszug 03-045 Werdau 1918, Museumszug 03-051 Glässing&Schollwer, Museumszug
Bauart OO; Baujahr ab ca. 1920; Neu- und Umbau durch die WEM; Länge 5810-7160 mm; Breite 1400 mm; Höhe 1610 mm; Eigengewicht 1,9-2,45 t; Lademasse 5 t; Altbaudrehgestelle bzw. Drehgestelle Bauart Osnabrück, Holz- oder Stahllangträger
04-002 zur Zeit zerlegt, Holzrahmen 04-012 Museumszug, Stahlrahmen
Bauart SS; Baujahr ca. ab 1925; Neu- und Umbau durch die WEM; Länge 5810-6585 mm; Breite 1400 mm; Höhe 1410 mm; Eigengewicht 1,8-1,95 t; Lademasse 5 t; Rahmen und Drehgestelle wie Reihe 04, niedrigere Seitenwände, für Ziegeltransport eingesetzt
05-001 zur Zeit zerlegt, Stahlrahmen 05-005 zur Zeit zerlegt, Stahlrahmen 05-008 Museumszug, 1973 Umbau auf Stahlrahmen 05-009 Museumszug, Stahlrahmen, Drehgestelle Bauart Osnabrück 05-013 Museumszug, 1973 Umbau auf Stahlrahmen 05-015 Museumszug, 1973 Umbau auf Stahlrahmen
Bauart H; Baujahr ca. 1900; Werksneubau, Neu- und Umbau durch die WEM; Länge 1850-2420 mm; Breite 1400 mm; Höhe 1500 mm; Eigengewicht 0,7 t; Lademasse 2,5 t; jedes Pärchen durch Holzstämme verbunden, dazwischen Kuppelstangen aus Holz oder Stahl
06-009 Museumszug, Altbaudrehgestell 06-010 Museumszug, Altbaudrehgestell 06-011 Museumszug 06-012 Museumszug 06-013 Museumszug, Neubau 06-014 Museumszug, Neubau
Bauart Ot; Baujahr unterschiedlich, Umbau ca. um 1950; Hersteller Vetschau, Leipzig, Mühlhausen; Eigengewicht 0,7 t; Lademasse 1,2 t; Fassungsvermögen 1 m³
08-003 08-004 08-005 Museumszug, mit Bremse 08-007 08-009 08-010 08-012 08-015 08-017 08-018 08-019 08-020 08-021 08-024 08-025 Museumszug, mit Bremse 08-026 Museumszug, mit Bremse 08-028 08-029 Museumszug 08-030 08-031 Museumszug 08-032 Museumszug 08-034 08-035 Museumszug 08-036 08-037 08-041 08-042 Museumszug
Bauart Ot; Baujahr unterschiedlich, Umbau ca. um 1950; Hersteller Vetschau, Leipzig, Mühlhausen; Eigengewicht 1,35 t; Lademasse 2,4 t; Fassungsvermögen 2 m³
09-001 09-002 09-003 09-004 09-005 Museumszug 09-006 09-008 09-009 Museumszug, mit Bremse 09-010 09-012 09-013 09-014 09-015 09-016 09-017 09-018 09-021 09-022 09-023 Museumszug, mit Bremse 09-024 Museumszug, mit Bremse
Alle geschlossenen Güterwagen wurden von der Waldeisenbahn in der Reihe 07 zusammengefasst. Dazu zählen neben den originalen WEM Wagen 07-003, 07-004 und dem Wagen 07-005 der ehemaligen MPSB auch die Neuerwerbungen mit dem Nummernbereich 07-016 bis 07-025.
Als Unterbaureihe 07-100 wurden die geschlossenen Personenwagen klassifiziert.
Bauart GG; Baujahr ca. 1940; Hersteller WEM; Länge 6520 mm; Breite 1780 mm; Höhe 2700 mm; Eigengewicht 3,0 t; Lademasse 4,5 t; Holzlangträger ähnlich Reihe 04, Altbaudrehgestelle
07-003 Havariewagen
Bauart GG; Baujahr ca. 1948; Hersteller WEM; Länge 7060 mm; Breite 1945 mm; Höhe 2800 mm; Eigengewicht 3,5 t; aus Brigadewagen aufgebaut
07-004 Mannschaftswagen, Ofenheizung
Bauart GG; Baujahr 1911; Hersteller Glässing und Schollwer, Berlin und Schären i.W.; Länge 8900 mm; Breite 1800 mm; Höhe 2610 mm; Eigengewicht 3,9 t; Lademasse 6,6 t; ex. MPSB, ca. 1957 zur WEM, diente dem Zellulosetransport zwischen Bahnhof Muskau und der Feinpapierfabrik Köbeln
07-005 Fakultativwagen, Ofenheizung
Bauart GG; Baujahr ca. 1913; Hersteller unbekannt; Länge 9150 mm; Breite 2070 mm; Höhe 2680 mm; Eigengewicht 5,25 t; Lademasse 10,5 t; ex. Witaszyce – Zagorow, 1994 zur WEM, Nummer nach WEM-Schema vergeben, z.Zt. ohne Zug- und Stoßvorrichtung, als Lagerraum genutzt
07-016 zur Zeit abgestellt 07-020 zur Zeit abgestellt

Bauart GG; Baujahr 1996/97; Hersteller Behälterbau Jämlitz/WEM; Länge 6860 mm; Breite 1900 mm; Höhe 2820 mm; Eigengewicht 3,5 t; Lademasse 4,0 t; Nummer nach WEM-Schema vergeben, Aufbau aus Tonwagen Reihe 01T, Gerätewagen für Gleisbauzug
07-021 Bauzugwagen 07-022 Bauzugwagen
Bauart GG (ehem. PKP Kx); Baujahr 1905; Hersteller Vereinigte Königs- & Laurahütte AG, Königshütte / Oberschlesien; Länge 5500 mm; Breite 2000 mm; Höhe 2600 mm; Eigengewicht 3,36 t; Lademasse 7,0 t; bis 1992 Kleinbahn Jarotschin, PKP Nr. 0006-114-41148 und …71, für Fotozüge und als Lagerraum genutzt, private Leihgaben 2009 zur WEM, Nummer nach WEM-Schema vergeben
07-024 Museumszug, ohne Bremse 07-025 Museumszug, ohne Bremse
In der neu geschaffenen Reihe 10 werden alle sonstigen heute bei der WEM vorhandenen Güterwagen zusammengefasst. Die meisten dieser Fahrzeuge wurden vom Verein und der WEM GmbH nach 1990 für besondere Transportzwecke angeschafft. Ein Exot ist dabei der Kesselwagen Nr. 068 der ehemaligen Feinpapierfabrik Köbeln. Auch die vielen typischen Feldbahnwagen sollen hier mit genannt werden.
10-001 Kesselwagen des ehemalige Granitwerkes Demitz-Thumitz, als Unkrautbekämpfungswagen genutzt;
01-109 Baujahr 1955 als 01 A, Umbau in Kesselwagen mit Motorspritze;
Kesselwagen mit der Inventarnummer 68 der Papierfabrik Köbeln zum Transport von Laugen
10-001 Kesselwagen, mit Bremse 01-109 Kesselwagen, Feuerlöschwagen (10-)068 Kesselwagen, ca. 3m³ Inhalt
10-002 bis 10-005 Flachwagen des ehemaligen Kalkwerk Ludwigsdorf, leichte Bauart
10-002 Flachwagen, mit Bremse 10-003 Flachwagen 10-004 Flachwagen 10-005 Flachwagen